En el campeonato de 1940, de ocho clubes en la liga nacional vuelve a campeonar el Deportivo Municipal y de nuevo el Atlético Chalaco obtiene el sexto lugar, con jugadores como el arquero Víctor Marchena, el defensa Humberto Crescimbeni, Rafael León, Lorenzo López, Arturo Paredes, equipacion atletico de madrid Guillermo Aróstegui etc. Los Jugadores fueron Humberto Crescimbeni, atletico de madrid camiseta Carlos Quiroz etc. Después el club acabó en el último lugar del campeonato de 1941 igualado en puntaje con el Telmo Carbajo por lo que debían ambos jugar un cuadrangular de revalidación de categoría (llamada popularmente «Rueda Trágica») con los dos primeros de la Segunda: Centro Iqueño y Santiago Barranco.
