El primer cambio significativo se produjo con el cuarto escudo tras su fusión con el Club Aviación Nacional para ser denominado como Atlético Aviación (1939-47), cuyo emblema pasó a estar inscrito en el símbolo alado del club aéreo militar, camiseta atletico de madrid 2022 conforme al acuerdo adoptado con este último tras la Guerra Civil. La temporada 1999 sería la última de Rafael Corrales como técnico, luego de dejar al Atlético Huila en el último lugar del campeonato con apenas 36 puntos en 44 partidos.
